GPU-accelerated k-mer counting

K-mer counting is the process of building a histogram of all substrings of length k for an input string S. The problem itself is quite simple, but counting k-mers efficiently for a very large input string is a difficult task that has been researched extensively. In recent years the performance of k-mer counting algorithms have improved significantly, and there have been efforts to use graphics processing units (GPUs) in k-mer counting. The goal for this thesis was to design, implement and benchmark a GPU accelerated k-mer counting algorithm SNCGPU. The results showed that SNCGPU compares reasonably well to the Gerbil k-mer counting algorithm on a mid-range desktop computer, but does not utilize the resources of a high-end computing platform as efficiently. The implementation of SNCGPU is available as open-source software

Depression, Anxiety, Psychiatric Comorbidity and Dimensions of Temperament and Personality

This study is part of the Mood Disorders Project conducted by the Department of Mental Health and Alcohol Research, National Public Health Institute, and consists of a general population survey sample and a major depressive disorder (MDD) patient cohort from Vantaa Depression Study (VDS). The general population survey study was conducted in 2003 in the cities of Espoo and Vantaa. The VDS is a collaborative depression research project between the Department of Mental Health and Alcohol Research of the National Public Health Institute and the Department of Psychiatry of the Peijas Medical Care District (PMCD) beginning in 1997. It is a prospective, naturalistic cohort study of 269 secondary-level care psychiatric out- and inpatients with a new episode of Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, 4th edition (DSM-IV) MDD. In the general population survey study, a total of 900 participants (300 from Espoo, 600 from Vantaa) aged 20 70 years were randomly drawn from the Population Register Centre in Finland. A self-report booklet, including the Eysenck Personality Inventory (EPI), the Temperament and Character Inventory Revised (TCI-R), the Beck Depression Inventory and the Beck Anxiety Inventory was mailed to all subjects. Altogether 441 participants responded (94 returned only the shortened version without TCI-R) and gave their informed consent. VDS involved screening all patients aged 20-60 years (n=806) in the PMCD for a possible new episode of DSM-IV MDD. 542 consenting patients were interviewed with a semi-structured interview (the WHO Schedules for Clinical Assessment in Neuropsychiatry, version 2.0). 269 patients with a current DSM-IV MDD were included in the study and further interviewed with semi-structured interviews to assess all other axis I and II psychiatric diagnoses. Exclusion criteria were DSM-IV bipolar I and II, schizoaffective disorder, schizophrenia or another psychosis, organic and substance-induced mood disorders. In the present study are included those 193 (139 females, 54 males) individuals who could be followed up at both 6 and 18 months, and their depression had remained unipolar. Personality was investigated with the EPI. Personality dimensions associated not only to the symptoms of depression, but also to the symptoms of anxiety among general population and in depressive patients, as well as to comorbid disorders in MDD patients, supporting the dimensional view of depression and anxiety. Among the general population High Harm Avoidance and low Self-Directedness associated moderately, whereas low extraversion and high neuroticism strongly with the depressive and anxiety symptoms. The personality dimensions, especially high Harm Avoidance, low Self-Directedness and high neuroticism were also somewhat predictive of self-reported use of health care services for psychiatric reasons, and lifetime mental disorder. Moreover, high Harm Avoidance associated with a family history of mental disorder. In depressive patients, neuroticism scores were found to decline markedly and extraversion scores to increase somewhat with recovery. The predictive value of the changes in symptoms of depression and anxiety in explaining follow-up neuroticism was about 1/3 of that of baseline neuroticism. In contrast to neuroticism, the scores of extraversion showed no dependence on the symptoms of anxiety, and the change in the symptoms of depression explained only 1/20 of the follow-up extraversion compared with baseline extraversion. No evidence was found of the scar effect during a one-year follow-up period. Finally, even after controlling for symptoms of both depression and anxiety, depressive patients had a somewhat higher level of neuroticism (odds ratio 1.11, p=0.001) and a slightly lower level of extraversion (odds ratio 0.92, p=0.003) than subjects in the general population. Among MDD patients, a positive dose-exposure relationship appeared to exist between neuroticism and prevalence and number of comorbid axis I and II disorders. A negative relationship existed between level of extraversion and prevalence of comorbid social phobia and cluster C personality disorders. Personality dimensions are associated with the symptoms of depression and anxiety. Futhermore these findings support the hypothesis that high neuroticism and somewhat low extraversion might be vulnerability factors for MDD, and that high neuroticism and low extraversion predispose to comorbid axis I and II disorders among patients with MDD.Tämä tutkimus on osa Kansanterveyslaitoksen Mielenterveyden ja Alkoholitutkimuksen osaston Mielialahäiriöprojektia. Tutkimus koostuu 441 espoolaisen ja vantaalaisen henkilön yleisväestöotoksesta ja 269 vakavaa masennusta sairastavan vantaalaisen psykiatrisen avohoito- ja sairaalapotilaan etenevästä kohorttitutkimuksesta (Vantaa Depression Study, VDS). Yleisväestötutkimusta varten Väestörekisteristä seulottiin 900 henkilön otos (300 Espoosta, 600 Vantaalta), iältään 20 70 vuotiaita, joille lähetettiin kysymyslomakkeisto, joka sisälsi sosiodemograafisten kysymysten lisäksi asteikot mm ahdistuneisuuden (Beck Anxiety Inventory, BAI), masennuksen (Beck Depression Inventory, BDI) ja persoonallisuudenpiirteiden (Temperament and Character Inventory Revised, TCI-R ja Eysenck Personality Inventory, EPI) mittaamista varten. Kaikkiaan 441 henkilöä vastasi (94 palautti ainoastaan lyhennetyn version, ilman TCI-R lomaketta) ja antoi suostumuksensa tutkimukseen. Vantaa Depression Study:ssa 806 aikuispotilasta, iältään 20 59 vuotta, seulottiin depressiivisten oireiden osalta ja 542 haastateltiin puolistrukturoidulla haastattelumenetelmällä (SCAN). Tutkimukseen valikoitui 269 potilasta, jotka täyttivät ajankohtaisen vakavan masennustilan oirekriteerit. Heidät haastateltiin puolistrukturoiduin haastattelumenetelmin myös muiden psykiatristen häiriöiden poissulkemiseksi. Poissulkukriteereinä olivat kaksisuuntainen mielialahäiriö (tyyppi I ja II), skitsoaffektiivinen häiriö, skitsofrenia ja muut psykoosit sekä orgaaninen tai kemiallisen aineen aiheuttama mielialahäiriö. Nyt kyseessä olevaan tutkimukseen sisältyvät ne 193 potilasta (naisia 139, miehiä 54), jotka osallistuivat sekä 6 kk että 18 kk seurantoihin ja joiden masennus pysyi unipolaarisena seuranta-aikana. Potilaiden persoonallisuudenpiirteitä arvoitiin EPI:n avulla. Yleisväestössä persoonallisuudenpiirteet liittyivät sekä masennus- että ahdistuneisuusoireisiin. Korkeat vaikeuksien välttämis (Harm Avoidance, HA)- ja matalat itseohjautuvuus (Self-Directedness, SD)- pisteet yhdistyivät kohtalaisesti, kun taas matalat extraversio (E)- ja korkeat neurotisismi (N)- pisteet vahvasti koettuihin masennus- ja ahdistuneisuusoireisiin. Persoonallisuudenpiirteet, erityisesti korkeat HA-, matalat SD- ja korkeat N- pisteet ennustivat myös jossain määrin vastaajan itseilmoittamaa, psykiatrisista syistä tapahtunutta terveyspalvelujen käyttöä ja vastaajalla todettuja mielenteveyshäiriötä. Lisäksi korkeat HA- pisteet assosioituivat vastaajan sukulaisilla todettuihin mielenteveyshäiriöihin. Masennuspotilailla N- pisteet alenivat huomattavasti ja E- pisteet nousivat jonkinverran masennuksesta toipumisen myötä. Masennus- ja ahdistuneisuusoireiden muutos seurannan aikana ennusti vain 1/3 siitä, mitä alkutilan N- pisteet ennustivat 18 kk:n N- pisteistä. Verrattuna N- pisteisiin, E- pisteet eivät näyttäneet olevan tilariippuvaisia ahdistuneisuusoireista ja muutos masennusoireissa seurannan aikana selitti vain 1/20 osan siitä, mitä alkutilan E- pisteet ennustivat 18 kk:n E- pisteistä. Sairastettu masennusjakso, yhden vuoden seurannan aikana, ei näyttänyt muuttavan persoonallisuutta. Masennuspotilailla havaittiin selkeästi korkeammmat N- pisteet ja lievästi matalammat E- pisteet kuin yleisväestön edustajilla, senkin jälkeen kun masennus- ja ahdistuneisuusoireet oli vakioitu. Masennuspotilailla ilmeni positiivinen annos-vaikutus suhde N- pisteiden ja sekä I että II akselin komorbidien sairauksien esiintyvyyden ja lukumäärän välillä. Negatiivinen vastaava suhde ilmeni puolestaan E- pisteiden ja komorbidin sosiaalisen fobian ja klusteri C:n esiintyvyyden välillä. Tutkimus vahvisti käsitystä, että ahdistuneisuus- ja erityisesti masennustilat muodostavat jatkumon lievemmistä oireista vakavampaan tautitilaan. Masennuspotilailla löydökset tukevat sen lisäksi olettamusta, että korkeat N- pisteet ja jossain määrin myös matalat E- pisteet saattavat olla haavoittuvuustekijöitä vakavalle masennukselle ja että korkeat N- ja matalat E- pisteet altistavat vakavaa masennusta sairastavat potilaat komorbideille psykiatrisille sairauksille

Itsemurhaa yrittäneen turvasuunnitelma

Vertaisarvioitu. Näin hoidan.Turvasuunnitelma on lyhytinterventio itsemurhaa yrittäneille potilaille sekä henkilöille, joiden itsemurhariskin arvioidaan muuten suurentuneen. Terveydenhuollon ammattilainen pyrkii yhdessä potilaan kanssa löytämään itsemurha-ajattelua laukaisevat tekijät ja tekemään suunnitelman, miten potilas voisi mahdollisissa tulevissa kriisitilanteissa hallita itsemurhaimpulssejaan vahingoittamatta itseään. Tarkoituksena on luoda ennalta määritelty lista selviytymisstrategioista, tukea antavista henkilöistä ja toiminnoista, joihin potilas voi olla yhteydessä tai joita potilas voi tehdä vähentääkseen välitöntä itsetuhoisen käyttäytymisen riskiään sekä etukäteen suojata itseään kuoleman aiheuttavien itsemurhamenetelmien saatavuudelta. Lisäksi pohditaan syitä, joiden vuoksi potilas haluaa elää. Interventiossa tuotetaan kirjallinen yhden sivun asiakirja potilaalle mukaan otettavaksi. Yhteistoiminta ja terapeuttinen yhteistyö ovat keskeistä turvasuunnitelman teossa ja potilaan sitouttamisessa hoitoon

Four selves of a student - a case report of dissociative identity disorder

English abstract.Peer reviewe

Koneellinen hakkuu : Seurantatutkimus

Tutkimuksessa selvitettiin koneellisen hakkuun tuottavuutta ja ajankäytön rakennetta 23 hakkuukoneen tallentaman aineiston avulla. Hakkukertymä oli yhteensä 626 000 m3 ja se oli peräisin 1 573 korjuulohkolta eri puolilta maata. Hakkuun keskimääräinen tuotantoaikatuottavuus oli 15,0 m3/h. harvennuksilla se oli 10,2 m3/h ja päätehakkuilla 22,1 m3/h. Tuotantoaika käsittää käyttöajan lisäksi kaikki keskeytykset. Hakkuupoistuman keskimääräinen runkotilavuus oli 198 dm3 (harvennukset 127 dm3, päätehakkuut 327 dm3). Rungon keskitilavuus oli harvennuksilla huomattavasti pienempi kuin 1990-luvun alussa, jolloin tehtiin edellinen julkinen koneellisen puunkorjuun seurantatutkimus. Rungon keskitilavuus oli Pohjois-Suomessa pienempi kuin muilla alueilla, varsinkin päätehakkuilla. Hakkuun tuottavuus on noussut harvennuksilla suhteellisesti enemmän kuin päätehakkuilla. Hakkuun ajanmenekkiä, polttoaineen kulutusta ja niihin vaikuttavia tekijöitä tutkittiin koneoppimisen avulla erillisissä osa-aineistoissa, joita jouduttiin muodostamaan ajanseuranta-aineiston konemerkkikohtaisten erojen ja vaihtelevien tallennusparametrien vuoksi. Lisäksi selvitettiin kantokäsittelyliuoksen kulutusta. Rungon keskitilavuus ja hakkuutapa olivat tärkeimmät ajanmenekkiä selittävät tekijät. Työskentelytavan mukauttaminen hakkuutähteen talteenottoa varten alensi kuusivaltaisilla avohakkuilla tuottavuutta noin kymmenellä prosentilla. Tuotantoajan polttoaineenkulutus oli keskimäärin 0,9 l/m3 (rungon keskitilavuus 220 dm3), ja kantokäsittelyliuosta kului keskimäärin 0,6 l hakattua havupuukuutiometriä kohti (rungon keskitilavuus 256 dm3). Hakkuun tuottavuudesta ja polttoaineenkulutuksesta saadut tulokset viittaavat siihen, että suuria hakkuukoneita käytettiin osittain niiden optimaalisen käyttöalueen ulkopuolella.201

Personnel Well-Being in the Helsinki University Hospital during the COVID-19 Pandemic—A Prospective Cohort Study

In March 2020, strict measures took place in Finland to limit the COVID-19 pandemic. Majority of Finnish COVID-19 patients have been located in southern Finland and consequently cared for at the Hospital District of Helsinki and Uusimaa (HUS) Helsinki University Hospital. During the pandemic, HUS personnel’s psychological symptoms are followed via an electronic survey, which also delivers information on psychosocial support services. In June 2020, the baseline survey was sent to 25,494 HUS employees, 4804 (19%) of whom answered; altogether, 62.4% of the respondents were nursing staff and 8.9% were medical doctors. While the follow-up continues for a year and a half, this report shares the sociodemographic characteristics of the respondents and the first results of psychological symptoms from our baseline survey. Out of those who were directly involved in the pandemic patient care, 43.4% reported potentially traumatic COVID-19 pandemic-related events (PTEs) vs. 21.8% among the others (p < 0.001). While over a half of the personnel were asymptomatic, a group of respondents reported PTEs and concurrent depression, insomnia, and anxiety symptoms. This highlights the need to ensure appropriate psychosocial support services to all traumatized personnel; especially, nursing staff may require attention